تحتوي جامعة الزيتونة للعلوم والتكنولوجيا على أربعة كليات: كلية الهندسة والتكنولوجيا ،كلية العلوم الطبيعية والصحية ،كلية الإدارة والاعمال و الكلية التقنية المتوسطة وكل كلية تضم العديد من التخصصات الجديدة والنادرة التي تطرح لأول مرة في فلسطين مقسمة على النحو التالي: